رافد لنهر الأردن*، ومن أودية السفوح الشرقية لجبال نابلس* – جنين، يبدأ من المرتفعات الواقعة جنوب شرق مدينة جنين*، من المنطقة التي تنتشر فيها قرى رابة وتلفيت والمغير*، حيث الارتفاعات متوسطة تبلغ نحو 55 م فوق سطح البحر. ويتكون الوادي من تلاقي ثعاب وأودية صغيرة قادمة من الشمال الشرقي ومن الجنوب والجنوب الغربي لتؤلف وادي الطواحين ووادي البلد. ويبدأ وادي شوباش بالتحديد جنوب قرية المغير بحوالي 1.5 كم، ومنها يتجه نحو الشرق بتعرجات وانعطافات كثيرة مع المحافظة على الاتجاه الشرقي مسافة 7 كم، مخترقاً المرتفعات الجبلية المشرفة على غور* الأردن في الشرق، والمؤلفة من صخور كلسية ومارنية وحوارية ترجع إلى الحقبتين الثانية والثالثة. ويصبح ارتفاع الوادي عند مخرجه من المنطقة الصخرية المذكورة على مستوى سطح البحر. ثم يسير مسافة 4 كم عبر التلال* والأراضي الواقعة دون سطح البحر، وفي رسوبات طرية ترجع إلى الثلاثي الحديث والرباعي، ثم مسافة 2 كم في ترسبات الترافرتان الكلسية الرباعية الطرية التي تؤلف أطراف الغور الغربية ويسير المجرى الأدنى للوادي، قرب مصبه، في ترسبات بحيرة اللسان الرباعية إلى الجنوب من قرية الزراعة*. وهكذا يكون الوادي قد قطع مسافة 12 كم في الأراضي الواقعة دون مستوى سطح البحر، حيث يصب في نهر الأردن على انخفاض 285 م دون سطح البحر. وهذا يعني أن انحدار الوادي العام هو بحدود 1:350 تقريباً، وهو انحدار شديد بصورة عامة. لذا كان مقطعه العرضي في الأجزاء الصخرية القاسية، ولا سيما في المرتفعات الواقعة فوق سطح البحر. ضيقاً وعميقاً نسبياً، حفرته مياه الفيضانات* والسيول الشتوية، لكون نظام الجريان في وادي شوباش سيلياً من نموذج سيول مناخ البحر المتوسط. ويظل الوادي سيلياً لأن الأودية التي ترفده من اليمين واليسار، رغم كثرتها، غير مستمرة الجريان، ولانعدام الينابيع الغزيرة الدائمة على امتداد مجراه. وتتناقص مياه حوض الوادي مع تناقص كميات الأمطار السنوية وارتفاع درجات الحرارة باتجاه الشرق وغور الأردن. وتراوح كميات أمطار المجرى الأدنى منه بين 200 و300 مم، في حين تتجاوز 400 مم في المجاري العليا للوادي. ولهذا السبب تتضح معالم الحياة الاقتصادية والنشاط السكاني في الأجزاء الغربية المرتفعة من حوض الوادي، حيث قامت عدة قرى سبق ذكر أهمها، متعمدة على الزراعة*، ولا سيما زراعة الحبوب* والمزروعات البعلية الأخرى، وعلى الرعي* والاستفادة من مساحات الأحراج المتبقية في الحوض الأعلى لوادي شوباش، وفي منطقة الغور قرب مصب الوادي في نهر الأردن، حيث توجد قرى كالزراعة والفاطور* التين يعتمد سكانهما على مياه بعض الينابيع والعيون المحلية في زراعاتهم واستعمالاتهم المنزلية.