تأسست جامعة الأزهر في مدينة غزة* عام 1991 لتلبية احتياجات التعليم العالي الفلسطيني، وهي اليوم واحدة من الجامعات الفلسطينية الكبرى، بلغ عدد أعضاء هيئتها التدريسية في عام 1998/ 1999، 237 عضواً متفرغاً علاوة على 85 عضواً غير متفرغ، و179 إدارياً، ونحو 11.519 طالباً (عام 1997/ 1998).
بدأت الجامعة بكليتي الدراسات الإسلامية والتربية، وفي عام 1992 افتتحت كليات: الصيدلة، والعلوم، والزراعة، والعلوم الإدارية والاقتصادية. وفي عام 1995 افتتحت كلية العلوم الطبية. وفي عام 2000 افتتحت كلية الطب.
ومنذ افتتاحها في عام 1991 دخلت الجامعة في مجلس التعليم العالي الفلسطيني، وفي عام 1994 انضمت إلى اتحاد الجامعات العربية، وفي عام 1995 دخلت عضواً في رابطة الجامعات الإسلامية، وفي عام 1996 أصبحت عضواً في جامعات البحر المتوسط واتحاد الجامعات العالمية.
وعلاوة على درجة البكالوريوس، تمنح جامعة الأزهر الماجستير التي تعتمد برامجها وزارة التعليم العالي الفلسطيني. ومنذ عام 1995/ 1996 بدأت برامج الماجستير في العلوم (الكيمياء)، والتربية، والآداب (اللغة العربية) بالإضافة إلى الدبلوم الخاص في التربية. وتتعاون الجامعة في هذه البرامج مع جامعات بريطانية وفرنسية وألمانية.
وفي الجامعة مراكز أبحاث وبرامج مجتمعية وهي: مركز الحاسوب، ومركز تحليل الغذاء، ومركز بحوث المياه، ومركز التعليم المستمر، ومركز تحليل وبحوث المخدرات، والدبلوم الذي يشتمل على 13 برنامجاً مختلفاً.